Летом 1941 года, когда Саввинов находился на Малоузенском стационаре, где изучал роль многолетних трав в поднятии плодородия солонцовых почв, началась война. 27 августа он был призван Питерским райвоенкоматом Саратовской области в ряды Красной Армии.
Жена Н.И. Саввинова Нина Федоровна Новотельнова вместе с тремя маленькими дочками находилась в это время там же, в селе Алексашкино, вместе с Николаем Ивановичем. Девочкам было тогда: Гале 7 лет, Тане 5 лет, Леночке 2 года.
Письма с фронта семье Саввинов писал регулярно, вдумчиво, со многими подробностями. Первого января 1942 г., поздравляя семью с Новым годом, Николай Иванович описал ту обстановку, в которой ему пришлось встречать Новый год: «Мы Новый год встретили в очень небольшой компании из трех человек – моего начальника, писаря и меня. Была тихая декабрьская ясная, холодная ночь. Ни звука, ни шелеста… Но ровно в 12 ч. ночи загремели наши орудия, минометы и пулеметы. В ответ послышались такие же залпы неприятеля, и так продолжалось всю ночь и весь день. Неприятель закрепился на очень выгодном природном рубеже, который он подготовил еще с осени, и не желает его сдавать, но, конечно, он все же будет сломлен и разгромлен, хотя может быть и не той ценой, какой нам бы хотелось».
В 1942 г. было получено два письма, в которых Николай Иванович очень беспокоился, получен ли семьей аттестат, и писал, что идет в разведку, чувствует себя бодро и уверенно. С февраля 1942 года наши письма стали возвращаться обратно. 11 октября 1946 г. семья получила извещение, что техник-интендант Саввинов Н.И. пропал без вести в феврале 1942 г.